Si narra che nel 1170 un ricco mercante, Alberto Besozzi d’Arolo, recatosi con la sua imbarcazione sul lago fu colto da un nubifragio. Si affidò così alla protezione di Santa Caterina d’Alessandria e fece voto di penitenza se fosse sopravvissuto. Riuscì a sfuggire alla morte e una volta giunto sulla terraferma si ritirò a vivere in una grotta della rupe dove oggi sorge l’eremo.
Nel 1195 Alberto intervenne per contrastare la peste che aveva colpito le zone circostanti ed a seguito di una rivelazione angelica fece costruire un sacello traendo ispirazione da quello che sul Monte Sinai custodiva le spoglie di Santa Caterina d’Alessandria.
Alla sua morte, avvenuta nel 1205, Alberto venne sepolto accanto alla cappella di Santa Caterina.
Il complesso di Santa Caterina ebbe fortuna e splendore e nel Settecento l’atmosfera di miracolo che aleggiava nel luogo s’intensificò in seguito ad un dissesto geologico. Diversi massi si staccarono da una rupe e si fermarono sulla struttura della Cappella intitolata al Beato Alberto. Il fato volle che si fermassero poco distanti da terra, per poi adagiarsi lentamente sul pavimento anni dopo, rimanendo così in quella posizione fino al 1910.
Il periodo di declino iniziò nel 1769, quando l’Eremo fu privato dei propri beni e soppressi in seguito all'ordine di chiudere le case con meno di dodici religiosi.
Per risollevare le sorti del complesso nel 1914 Santa Caterina fu dichiarata monumento nazionale e nel 1970 fu acquistata dalla Provincia di Varese che, dopo lunghi e complessi lavori di restauro e di consolidamento, riportò il monastero agli splendori di un tempo e ad essere meta turistica e religiosa.
